Plougonver tient son nom du breton "plou" paroisse, et du mot d'origine celtique cunomaros, devenu Gonver, désignant l'illustre guerrier.

Il ferait allusion au personnage cruel de Conomore ou Comore, comte de Poher, assassin de sa femme Triphine, et père de Trémeur ou Tréveur : Triphine signifiant "petite victoire" et Trémeur "grande victoire"

La commune dominée par le Ménez Kerespers, présente un relief vallonné et boisé, irrigué par de nombreux cours d'eau. Le plus important, le Léguer, prend sa source à Penn-Léguer en Bourbriac. Il alimentait autrefois de nombreux moulins aujourd'hui disparus.
Une rivière agrémente la commune : le Léguer qui se jette dans la manche et plusieurs ruisseaux alimentent le Guic.

Le Quénécador est le second point culminant de la commune avec 314 mètres. Le point le plus bas se situant à Kergalaon, 180 mètres.